Si lo estás instalando en una subcarpeta, Discourse debe configurarse para ello. De lo contrario, no hay forma de que sepa si está sirviendo tráfico a un subdominio o a una subcarpeta.
Al dirigir los enlaces al subdominio, está haciendo lo correcto, como se espera. Es posible que tengas algún tipo de redirección configurada, pero no tengo conocimiento de cómo se configuró tu foro. Tal vez lo primero sea verificar que todo lo modificado fuera de Discourse (proxys, redirecciones, etc.) esté correcto. Si todo está bien, prueba a configurar el foro para que se use en un subdominio mediante el método recomendado en: