Una teoría es que quizás topic_users.bookmarked se está desincronizando de alguna manera. Si tienes un tema problemático identificado, ¿puedes intentar consultar la tabla topic_users para esa combinación de usuario/tema que encuentres y ver si bookmarked es verdadero o falso?
Además, tengo curiosidad por saber si la nueva función experimental /filter muestra los temas “perdidos” con in:bookmarked, por ejemplo, Discourse Meta. ¿Puedes probar eso también y hacérnoslo saber?