1つの理論として、おそらく topic_users.bookmarked が何らかの方法で同期ずれを起こしているのではないかということです。問題のあるトピックが特定できたら、そのユーザー/トピックの組み合わせで topic_users テーブルをクエリして、bookmarked が true か false かを確認してもらえますか？
また、新しい実験的な /filter 機能 で、「見つからない」トピックが in:bookmarked で表示されるかどうか興味があります。例えば、Discourse Meta のようなものです。これも試してみて、結果を教えていただけますか？