La mia comprensione è che nulla dovrebbe mai uscire da un elemento iframe, quindi ho sempre dato per scontato che fosse l’iframe stesso a essere posizionato in modo errato. Tuttavia, potrebbe anche trattarsi della dimensione dell’iframe posizionato (da GAM) che è errata in qualche scenario insolito.
Potresti condividere come hai gestito la questione con CSS, almeno per evitare che i banner troppo grandi si sovrappongano al contenuto della pagina? Il fatto che una simile soluzione funzioni potrebbe essere un indizio su cosa stia accadendo esattamente.