Lo único que instalará es Docker.
Parece bien.
app.yml es creado por discourse-setup. No puedes ejecutar discourse-setup si no puede acceder a los puertos, pero si lees el código fuente verás que puedes ejecutar ./discourse-setup --skip-connection-test y ejecutarlo de todos modos.
Tu nginx será responsable de Let’s Encrypt, así que querrás comentar la plantilla de Let’s Encrypt. Sospecho que eso se describe en el tema del proxy inverso enlazado arriba y abajo.
Ver Usar Nginx Proxy Manager para administrar múltiples sitios con Discourse o Ejecutar otros sitios web en la misma máquina que Discourse (que ya ha sido enlazado).