こんにちは、ご質問ありがとうございます！
はい、問題は、バックアップ中に enable_s3_uploads が有効になっていると、生成されたアーカイブが正常に復元できないことが多いということです。正確な技術的な理由は完全には明らかではありませんが（いくつかのスレッドで議論されています）、バックアップ前にS3を無効にしない限り、復元プロセスが頻繁に失敗します。
"enable_s3_uploads restore" で検索すると、Metaで複数のレポートが見つかります。
例えば、このスレッドは典型的な失敗例を示しています。
Trouble restoring backup--SiteSetting::Upload.s3_base_url is failing--because enable_s3_uploads was set in database
そのため、私のスクリプトは、結果がクリーンで復元可能であることを保証するために、バックアップ前に一時的にS3を無効にします。
これで明確になったことを願っています！