Olá, obrigado pela sua pergunta!
Sim — o problema é que, quando enable_s3_uploads está ativado durante o backup, o arquivo resultante muitas vezes não pode ser restaurado com sucesso. Embora a razão técnica exata não esteja totalmente clara (e tenha sido discutida em vários tópicos), o processo de restauração falha frequentemente, a menos que o S3 seja desativado antes do backup.
Você pode encontrar vários relatórios no Meta pesquisando por "enable_s3_uploads restore".
Por exemplo, este tópico mostra um caso de falha típico:
Trouble restoring backup--SiteSetting::Upload.s3_base_url is failing--because enable_s3_uploads was set in database
É por isso que meu script desativa temporariamente o S3 antes do backup, para garantir que o resultado seja limpo e restaurável.
Espero que isso ajude a esclarecer!