Вы запускали discourse-setup? Он проверяет, что ваше имя хоста разрешается в вашу виртуальную машину.
Однако, если вы выполняли множество пересборок до того, как Let’s Encrypt смог подключиться, вы могли попасть под ограничение скорости. В таком случае нужно подождать неделю, использовать другое имя хоста или воспользоваться обходным путём — добавить второе имя хоста, как описано в статье: