No he probado esto, pero estoy bastante seguro de que funcionará:
hooks:
after_code:
- exec:
cd: $home/plugins
cmd:
- rm -rf discourse-subscriptions
- git clone https://github.com/yourForkUser/discourse-subscriptions
Dado que esto se ejecuta desde el directorio de plugins, eliminará discourse-subscriptions que ahora está incluido en el núcleo y lo reemplazará con el que siempre has usado antes. Por lo tanto, agregar solo ese rm -rf a tu app.yml antes de tu git clone (para este o cualquier otro plugin que no quieras incluir o quieras reemplazar) debería hacer lo que deseas y reemplazar el plugin principal con tu fork.