Hhmm 
Así que tienen ese fragmento de gist allí; lo que sugieren es que la gente lo implemente fuera del resaltador (en este caso, es marked.js, aunque supongo que se podría hacer lo mismo con highlight.js).
¿Crees que Discourse podría hacerlo? O, antes de eso, ¿tiene sentido esto en términos de arquitectura?
Supongo que la idea general es simplemente hacer una búsqueda y reemplazo, eliminar las marcas de diferencia, enviarlo al resaltador de sintaxis y luego trabajar sobre él con más búsquedas y reemplazos después. Suena muy incómodo, pero la verdad es que el fragmento no es tan complicado en absoluto.