うーん 
彼らはあの gist スニペットを持っていますね。彼らが提案しているのは、ハイライター（この場合は marked.js、おそらく highlight.js でも同様）の「外側」でそれを実装することです。
Discourse でそれができると思いますか？あるいは、その前の質問ですが、アーキテクチャの観点から見てこれは理にかなっていますか？
一般的なアイデアは、単に検索と置換を行って差分マークを削除し、それを構文ハイライターに送り、その後にもう一度検索と置換を適用するというものです。かなり不自然に聞こえるかもしれませんが、実際にはそのスニペットはそれほど複雑ではありません。