A instalação padrão não utiliza o nginx instalado no sistema e, se você tiver o nginx instalado no host, o Discourse não terá acesso às portas 80 e 443. Ao instalar o nginx no sistema, você impediu que o Discourse funcionasse em sua configuração padrão.
Isso não tem nada a ver com a Amazon. É apenas administração de sistemas Linux.
(Pode ser apropriado ter o nginx instalado no sistema para Setting up offline page, mas isso requer entender como as portas funcionam no Linux. 
Portanto, não comece por aí se a situação atual não fizer sentido para você!)