Así que aquí está…
O desde el código:
SiteSetting.disable_emails = "non-staff"
Mi configuración al llegar era no deshabilitado, lo que significa habilitado 
Pero mi script no modifica esta configuración; y en base.rb está establecida en yes. Así que actualmente no tengo explicación de cómo se habilitaron los correos (o por qué no se deshabilitaron) 
Incluso revisé el código del único plugin que estoy usando, discourse-migratepassword, pero tampoco hay mención de esta opción allí.
No es necesaria una respuesta: mi problema está resuelto, gracias por ello. Me queda preguntándome qué pasó, pero eso es una preocupación menor en este momento.