Se o link canônico estiver no HTML, ele está funcionando. Você já verificou que ele está funcionando como deveria 
Não quero ser difícil. Aprecio que SEO seja uma questão sensível e importante para muitos sites.
No entanto, uma ferramenta de SEO fará a mesma verificação que você já fez. Ela não lhe dirá nada além do que você já sabe.