Você poderia descrever as alterações que deseja fazer com mais detalhes?
A equipe do Discourse e os arquitetos do Ruby e Rails (etc.) percorreram um longo caminho para garantir que você possa alterar o código em plugins.
Todo o propósito de plugins e componentes de tema é que suas alterações sobrevivam às reconstruções do contêiner.
Comece aqui se suas alterações de código incluem a API Ruby: Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin
Se for apenas Javascript, você geralmente pode se safar com um Componente de Tema. Developing Discourse Themes & Theme Components