Thunderbirdの問題ではなく、スレッディングをサポートするどのメールクライアントでも発生する問題だと思います。しかし、ここでのin-reply-toとreferences内の異なる情報間の違いが、異なる解釈に依存するのかどうかはわかりません。
現在、rfc5322に従ってReferencesを修正したことがわかります。
In-Reply-To: 返信するメッセージのmessage-idを引用します。
References: 返信されたメッセージのメッセージIDを以前のreferencesに追加します。
最初の投稿
Message-ID: <msg-id1>
…そしてReferencesなし
1回目の返信
`
Message-ID: <msg-id2>
In-Reply-To: <msg-id1>
References: <msg-id1>
`
2回目の返信:
…
Message-ID: <msg-id3>
In-Reply-To: <msg-id2>
References: <msg-id1> <msg-id2>
…
ちなみに:複数の行をpreformatted textとしてマークすると、cmd-eマーキングが1回ではなく、行ごとに複数回含まれるという別のバグがありますか?