Если вы не хотели использовать обходной путь с консолью Rails, другой вариант — включить двухфакторную аутентификацию для вашей учётной записи администратора, а затем использовать код аутентификации для подтверждения предоставления прав администратора вместо подтверждения по электронной почте (к тому же ваша учётная запись администратора станет более защищённой 
)
Хотя странно, что вы не видите соответствующего лога отправки письма. 
Вам удалось в итоге найти причину проблемы?
Кажется, недавно было ещё одно похожее сообщение — Grant admin confirmation mail not sent