Sin duda, no podemos impedirte intentar usar Discourse dentro de un iframe, pero, como se ha advertido en otros temas, se espera que sea frágil y problemático, y no tenemos intención de dedicar tiempo a resolver problemas relacionados con iframes.
Quizás sea más útil describir con detalle los problemas que encuentres al personalizar el tema de Discourse, para que podamos ayudarte y/o mejorar el proceso. Hemos mejorado mucho la personalización de temas en los últimos dos años, y es algo que definitivamente queremos apoyar y mejorar siempre que sea posible.
Hay elementos que son claramente más difíciles de personalizar que otros, como el encabezado. Esto se debe a que se implementó un DOM virtual para mejorar el rendimiento (A tour of how the Widget (Virtual DOM) code in Discourse works).
Por lo tanto, si deseas insertar contenido en el encabezado, deberás utilizar ese sistema en lugar de añadir contenido antes o después desde la interfaz de administración (se aborda brevemente en la sección avanzada de la API de plugins de Developing Discourse Themes & Theme Components). También hay algunos buenos ejemplos de manipulación del contenido del encabezado en componentes de tema de personalización existentes, como Custom Header Links.