¿No es eso un mal diagnóstico? Estás comprobando el entorno de un proceso Ruby recién creado en lugar del que ejecuta el servidor web real.
Si inspeccionas /proc/<pid>/environ del proceso Pitchfork, verás la variable de entorno YJIT allí.
root@raspberrypi5:/var/discourse# cat /proc/3331660/environ | tr '\0' '\n' | grep -i yjit
RUBY_YJIT_ENABLE=1