申し訳ありません、解決しました。
sudo -u discourse は環境変数をクリアしてしまいます。-E フラグを使用すると通常の環境変数が引き継がれるため、この場合 sudo -E -u discourse RAILS_ENV=production bundle exec rails runner 'puts "YJIT enabled: #{RubyVM::YJIT.enabled?}"; puts RUBY_DESCRIPTION' を実行すると、
YJIT enabled: true
ruby 3.4.7 (2025-10-08 revision 7a5688e2a2) +YJIT +PRISM [x86_64-linux]
という結果が返ってきます。
テンプレートのみを追加した状態です。
お時間を無駄にしてしまい申し訳ありません。ご回答を解決策としてマークいたしました。お手数をおかけしてすみません。調査とご回答に時間を割いていただき、ありがとうございます。