A configuração padrão parece boa para mim, mas eu não tornaria o envio com Shift+Enter uma opção, porque é como dar a opção de usar o ESC para enviar coisas em vez de impedir o envio, o que treinará a memória muscular da maneira errada em alguns usuários.
É como ESC para sair ou Ctrl+K para pesquisar — não é um padrão oficial, mas é feito dessa forma há tanto tempo por tantos programas que é o que os usuários esperam. Como você mencionou acima: “Esta parece ser uma configuração bastante padrão em todos os chats populares, de Telegram a Element – ou seja, permitir ‘Cmd+Enter para enviar, Enter para nova linha’.”
Se as pessoas treinarem a memória muscular de que Shift+Enter envia mensagens, elas terão surpresas desagradáveis quando descobrirem o que acontece em outros programas.
Eu não uso os dois programas que você mencionou, mas Slack, Google Chat, Skype, Apple Messages e a maioria dos outros usam Enter para enviar e Shift+Enter para criar novas linhas. Quando Enter não envia (Gmail, posts do Discourse, etc.), Ctrl/Command+Enter envia.
Uma opção para desativar o envio para Enter faz sentido, mas acho que usar Shift+Enter para enviar causará problemas para pessoas que escolherem essa opção sem perceber que isso criará outro problema de memória muscular.