Acredito que o problema não seja obter os pacotes individuais, mas o tempo total que leva para instalá-los. Se você não tiver memória suficiente, pode ter o problema mesmo que a velocidade da sua rede esteja boa. A instância E2.Micro com a qual tive o problema tem apenas 1 GB de memória.
Para que valha a pena, acabei de atualizar o Discourse em um Droplet de 4 GB e não vi nenhum problema em particular.