Я считаю, что проблема не в загрузке отдельных пакетов, а во времени, необходимом для установки всех их. Если у вас недостаточно памяти, проблема может возникнуть даже при отличной скорости сети. У экземпляра E2.Micro, с которым у меня возникли проблемы, всего 1 ГБ памяти.
К слову, я только что обновил Discourse на Droplet с 4 ГБ памяти и не заметил никаких особых проблем.