Sì — penso che la soluzione migliore per ora sia aggiungere alcuni controlli nel plugin di voto dei post per saltare la logica quando le risposte nidificate sono abilitate per un argomento. In pratica, rendere esplicitamente il plugin incompatibile con le risposte nidificate.
Sarebbe anche interessante avere una modalità «converti in risposte nidificate» per il voto dei post. Immagino che una certa percentuale di utenti che utilizzano il voto dei post vorrebbe semplicemente passare alle risposte nidificate.