No hay garantías de compatibilidad con nada al usar subcarpetas. Es una instalación avanzada y muy poco se prueba contra ella.
Podrías usar un subdominio diferente para tu instalación de Discourse. El SSO funcionará entre subdominios.
La parte superior de la guía de subcarpetas contiene este texto:
Necesitas volver a tests-passed para estar en un estado remotamente compatible, asumiendo que tu base de datos no está simplemente rota ahora. Revertir una versión no tiene soporte.