Se lanza una nueva versión Estable aproximadamente dos veces al año, así que si puedes esperar un par de meses, puedes esperar a que se lance la próxima versión Estable. 
No estoy 100% seguro de si eso hará que todo vuelva a estar bien automáticamente, ya que podría ser una actualización complicada considerando que tienes la 3.1.0beta4 en lugar de la 3.0.3 Estable, pero creo que podría estar bien. 
O puedes volver a usar tests-passed en tu app.yml y tener una versión actualizada que debería solucionar todo. Solo para comprobar, ¿es esta una instalación estándar?