Esa parece ser la forma más probable en que la copia de seguridad podría haberse corrompido (dado que se subió y no está en el mismo lugar donde se creó). Parece que algunos navegadores y/o sistemas operativos descomprimen las cosas “útilmente” inmediatamente al descargar, o de lo contrario dificultan saber que ha sido modificado.
Creo que Windows hace que sea excepcionalmente difícil saber si eso ha sucedido, ya que oculta explícitamente las extensiones por defecto.
Si estás usando un sistema operativo donde es probable que alguien use esos comandos, probablemente sea poco probable que haya causado el problema. 