Parece que você acabou com quebras de linha no estilo Windows nos binstubs. Talvez você tenha aberto os arquivos no Windows? Ou trocou seu editor de texto para usar quebras de linha no estilo Windows?
O que você vê ao executar file bin/unicorn? Eu vejo isso:
❯ file bin/unicorn
bin/unicorn: Ruby script text executable, ASCII text
Se eu alterar manualmente as quebras de linha para o estilo Windows, vejo o mesmo erro que você, e o file me mostra:
❯ file bin/unicorn
bin/unicorn: Ruby script text, ASCII text, with CRLF line terminators
^^ Quando as coisas estão nesse estado quebrado, isso aparece como uma diferença no Git, e executar git reset --hard corrige tudo.