これは特定の問題には役立たないかもしれませんが（あるいは役立つかもしれませんが）、他の誰かがこれを読んで役立つかもしれません。
私も昨夜、基本的に同じエラーメッセージでサイトの更新に苦労していました。
Pups::ExecError: cd /var/www/discourse ....
原因は、私が書いた2つのプラグインにあることを特定しました。当時、プラグインの書き方を学ぶためのひな形としてDiscourse Signatureプラグインを使用していました。それを例としてフォローしていたため、私の2つのプラグインにも、更新をブロックしていたこの問題がありました。
私のymlファイルでプラグインの行をコメントアウトすると、うまくいきました。プラグインリポジトリで同じ行を削除すると、問題が解決し、更新できるようになりました。