Tal vez el script no lo pregunte porque ya está en tu app.yml y luego da el error debido a esto (porque el correo ya está mal en el archivo app.yml).
Intenta cambiar el correo en el archivo manualmente y ver si funciona (nano containers/app.yml).
La línea que dio el error verifica si el correo de Let’s Encrypt no está vacío para mostrártelo y preguntarte si quieres cambiarlo, pero como la condición no envuelve la variable entre comillas dobles, el valor que está en tu app.yml se expande y produce el error de Too many arguments.
Creo que si el equipo de Discourse hubiera envuelto la variable entre comillas dobles, habría ayudado a evitar casos como este, pero de todos modos deberían ser raros (probablemente la primera vez que ejecutaste la configuración, el valor se estableció incorrectamente).