Talvez o script não esteja perguntando porque o valor já está no seu app.yml e, em seguida, ele gera o erro devido a este (porque o e-mail já está incorreto no arquivo app.yml).
Tente alterar o e-mail no arquivo manualmente e veja se funciona (nano containers/app.yml).
A linha que gerou o erro verifica se o e-mail do Let’s Encrypt não está vazio para mostrá-lo a você e perguntar se deseja alterá-lo, mas como a condição não envolve a variável em aspas duplas, o valor que está no seu app.yml é expandido e gera o erro de Too many arguments.
Acho que, se a equipe do Discourse envolvesse a variável em aspas duplas, ajudaria a evitar casos como esses, mas eles devem ser raros de qualquer forma (provavelmente, na primeira vez que você executa a configuração, o valor foi definido incorretamente).