Actualización sobre mi situación específica… Todavía tenía archivos en mi /var/discourse/shared/standalone/uploads aunque me había cambiado a S3 para el almacenamiento. Una vez que eliminé el directorio ‘default’ en ese directorio de uploads, volví a crear una copia de seguridad y se creó con éxito una que solo contenía la base de datos (…sql.gz).
Por alguna razón (en mi caso) si hay archivos en ese directorio, ignora la configuración para NO incluir las subidas en la copia de seguridad y las crea de todos modos.
Hazme saber si se necesita más información o aclaración para mi situación. Parece que es quizás un poco diferente a la situación del OP.
De todos modos, pude solucionar el problema y ahora puedo restaurar con éxito.