Um bug muito pequeno e raro, compartilhando-o principalmente aqui para outras pessoas que o encontrarem.
Tínhamos um fórum onde o FAQ não estava sendo marcado como lido para os usuários. Após uma sessão de depuração muito, muito, muito longa, descobriu-se que era porque este FAQ específico terminava com um link para outro post no fórum.
Esse post foi incorporado, causando um <aside class="quote">.... </aside> a estar presente na página /faq, sendo o último filho dentro de div.cooked, então este nunca foi acionado.
isElementInViewport(document.querySelector(".contents p:last-child"))
O problema foi resolvido editando o FAQ e adicionando um . em uma linha vazia na parte inferior.