Файл 'containers/app.yml' недоступен для записи

Вот и всё. Вы не вошли как root. Файл принадлежит пользователю root. Вот почему вы не можете записывать в этот файл.

На самом деле в EC2 нельзя войти напрямую как root. Сейчас вы вошли как пользователь ubuntu.

Введите sudo su -