Mi scuso, ma non credo di aver capito cosa intendi ottenere.
Correggimi se sbaglio:
Hai due loghi: uno blu e uno bianco. Il logo blu è per il tuo tema in una palette di colori con sfondo bianco. E vuoi che il logo bianco appaia con un tema diverso che ha una palette di colori con un’intestazione nera, giusto?
Affinché il logo per la modalità scura venga visualizzato, devi creare la palette di colori partendo da una delle palette di base scure (come Dark o WCAG Dark), quindi regolare i colori a tuo piacimento (intestazione nera, ecc.) e assegnare quella palette al tuo tema:
Inoltre, puoi configurare la tua palette di colori nelle impostazioni del sito default dark mode color scheme id in modo che sia la palette utilizzata per la modalità scura.