La solución más sencilla aquí es específica para el plugin de Docker Manager. No estoy seguro de cómo me siento sobre ejecutar un comando git adicional o buscar remotos de git en cada plugin cada vez que iniciamos.
Pero el plugin de Docker Manager podría hacer ese trabajo adicional y colocar un icono rojo grande en los plugins oficiales que parecen ser bifurcados.
Incluiré 
para la próxima versión, por lo que ocurrirá en los próximos 6 meses más o menos.
pr-welcome también si alguien quiere experimentar con Docker Manager.