ロゴは狭いウィンドウでは非常に小さくなりますが、これはMaterial Design Themeでカスタムヘッダーリンクを使用した場合にも起こります。
以前CSSを見ていたのですが、ロゴがspan.header-sidebar-toggleの内側に含まれていることが、状況を悪化させているのかもしれません。もっとも、広い表示ではそれが唯一の合理的な場所なのかもしれませんが。