Je créerais un modèle que vous incluez dans le conteneur Docker créé par le lanceur.
Par exemple, comme ce modèle de limitation de débit qui modifie la configuration nginx : discourse_docker/templates/web.ratelimited.template.yml at main · discourse/discourse_docker · GitHub
Vous incluriez votre propre modèle dans la liste templates: de votre configuration YAML de conteneur.
La prochaine fois que vous le reconstruirez, vos modifications de la configuration nginx seront incluses.