今後数週間はテーマコンポーネントを使い続けることも問題ありませんが、コンポーネントがインストールされている場合、今後の変更は表示されません。これは意図的なものです。
これは、テーマコンポーネント内で設定を変更している可能性があるため、それらの設定をコアに正しくマッピングする必要があるからです。Discourse を最新バージョンに更新した後、OP で言及されている rake タスクを使用することもできますが、セルフホスト環境であるため、現時点で更新を急ぐ必要はありません。
今後 1〜2 週間で、移行スクリプトのさらなる改善を行っていきます。