これは良い機能だと思います。なぜなら、人々はよく master ブランチへのリンクを貼り付けることがあり、それらは時間の経過とともにほぼ必ず古くなってしまうからです。それでも、正当な理由が多数あるため、意図的にブランチへのリンクを貼り付けることは可能であるべきです。また、全体的に見てこの機能は少し破綻しているように思えます。修正すべきでないものを書き換えてしまったり、おそらく書き換えるべきものを解析しなかったりしています。
これを修正するためのテストケースとして使える例をいくつか挙げます：
- URL を単に貼り付けて作られたプレーンなリンク。これは書き換えられるべきであり、実際に書き換えられています：subdomain-static/forums-enhancements.js at master · ClassicPress/subdomain-static · GitHub
[url](url)という形式の Markdown リンク。これはリンクテキストと URL の両方を明示的に指定しているため、書き換えられてはならないはずです。しかし実際には、リンクテキスト が書き換えられ、リンク URL は書き換えられていません。これは破綻しています：https://github.com/ClassicPress/subdomain-static/blob/master/forums-enhancements.js- バッククォートで囲まれた URL。これはリンクではないため書き換えられてはならないはずですが、書き換えられています：
https://github.com/ClassicPress/subdomain-static/blob/master/forums-enhancements.js - 3 つのバッククォートで囲まれたコードブロック内の URL。これもリンクではないため書き換えられてはならないはずですが、書き換えられています：
https://github.com/ClassicPress/subdomain-static/blob/master/forums-enhancements.js
上記の (1) のみを書き換えるべきだと考えます。これにより動作がより予測可能になり、「プレーン」なリンクのみが書き換えられるようになります。特定の Markdown 構造が使用されているリンク（特定の意図を表す方法と考えることができます）は、そのままにしておくべきです。