La hay si quieres darle al enlace tu propio título en lugar de que se infiera de la URL de destino, es decir, [título](url). Darle un título al enlace no indicaría ninguna preferencia por la reescritura de URL, así que estoy de acuerdo con @mattmccutchen en que 1 y 2 deberían comportarse de manera consistente para la reescritura de URL.
Podría argumentarse que el título que coincide exactamente con la URL es una indicación de que no debería reescribirse, pero ¿y si un usuario quiere proporcionar un título y quiere que la URL no se reescriba? Debe haber algún otro método para especificar eso.
Algo que me viene a la mente sería un sufijo de título similar al tamaño de las imágenes incrustadas, aunque no estoy seguro de cómo lo descubriría un usuario.
Una imagen incrustada se puede dimensionar así:
Por lo tanto, el plugin discourse-github podría (presumiblemente) hacerse para buscar algo como esto:
[título|github-no-rewrite](url)