リンクのターゲットURLから推測されるタイトルではなく、独自のタイトルを付けたい場合は、そのようになります。つまり、[タイトル](URL)です。リンクにタイトルを付けることは、URLの書き換えに対する好意を示すものではないため、URLの書き換えに関しては、@mattmccutchenと同様に、1と2は一貫して動作すべきだと思います。
タイトルがURLと完全に一致することが、書き換えられないことを示すという議論があるかもしれませんが、ユーザーがタイトルを提供したいが、URLを書き換えたくない場合はどうでしょうか？それを指定する別の方法が必要です。
思いつくのは、埋め込み画像サイズのようなタイトルの接尾辞ですが、ユーザーがそれを見つける方法がわかりません。
埋め込み画像は次のようにサイズ設定できます。
したがって、discourse-githubプラグインは、次のようなものを探すように（おそらく）作ることができます。
[タイトル|github-no-rewrite](URL)