Não olho para o código há anos (edição: há anos), mas meu palpite é que o problema é que a linha com a vírgula isolada está sendo interpretada como o início de uma assinatura, e é por isso que ela está sendo removida.
Claro. Veja quais mensagens estão causando o problema. Modifique o código para não remover as mensagens. O truque é fazer com que ele não remova o que você quer, mas ainda assim elimine o lixo.
Se você não quiser corrigir o código, pode postar em Marketplace.