データエクスプローラーで何か変更がありましたか？API経由でクエリを取得できません

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それがまさにPRが目指していたことです！

オプションは、バックアップ、または次のようなページネーションを使用することです。

select * from table where id > (:page * 5000)

これにより、5kごとにチャンクで取得できます。