データエクスプローラーで何か変更がありましたか?API経由でクエリを取得できません

それがまさにPRが目指していたことです!

オプションは、バックアップ、または次のようなページネーションを使用することです。

select * from table where id > (:page * 5000)

これにより、5kごとにチャンクで取得できます。