昨日、Word 由来の span HTML 要素を回避するための改善をマージしましたが、ご提示いただいた例を踏まえて再度確認いたします。他の例をご存知の場合は、ぜひお知らせください。
lang 属性を持つ span 要素は、インライン HTML markdown-it トークンとして有効な組み合わせであるため、システムは「有効」としてそれらを維持しています。私の懸念点は、「過剰な修正」を行い、意図的に追加された属性を持つインスタンスを削除してしまうことです（おそらく問題ないかもしれませんが、調査します）。
このシナリオではクリップボードに HTML と text/plain の両方が含まれており、システムはコードブロックの外側と内側への貼り付けに応じて適切なソースを使用するため、上記のようにはなりません。