Se você configurar conforme descrito em Usando Armazenamento de Objetos para Uploads (S3 e Clones), você poderá executar
rake uploads:migrate_to_s3
Se você quiser parar de usar o s3, então você pode entrar no console do rails e definir
SiteSetting.include_s3_uploads_in_backups=true
Em seguida, faça um backup, certifique-se de que não tenha o s3 configurado em seu app.yml e restaure o backup. Acho que isso restaurará os backups para o local.
Mas, em qualquer um dos casos, eu ainda recomendaria definir suas chaves e bucket de backup em variáveis de ambiente em seu arquivo app.yml e, em seguida, verificar se você pode restaurá-lo para um novo site.