en realidad no es solo el color de fondo, también es la eliminación del contenedor de contenido separado
cuando la barra lateral y el contenido están en contenedores separados, necesita relleno entre el contenido y los bordes de los contenedores en ambos
cuando se eliminan los contenedores, solo necesita espacio entre los elementos, por lo que termina reduciendo a la mitad el relleno necesario
Sí, esto parece un espacio de 1px en las consultas de medios en algún lugar, debería ser una solución fácil (editar: acabo de fusionar una)