Высокая загрузка ЦП и диска после восстановления после неудачного обновления

Спасибо, это отлично. Похоже, у вас параметр swappiness установлен в ноль, что, скорее всего, и является основной проблемой.

Однако есть три настройки, которые важно правильно настроить: одна из них — swappiness, а две другие упомянуты в Мнении о конфигурации развёртывания Discourse от MKJ:
/proc/sys/vm/overcommit_memory
/sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
/proc/sys/vm/swappiness

Вы можете установить эти значения один раз, но также следует убедиться, что они сохраняются при загрузке системы — см. пост MJK и проверяйте эти файлы перед их перезаписью.

Я подозреваю, что при загрузке что-то устанавливает swappiness в ноль. Возможно, ваш хостинг-провайдер пытается предотвратить использование SSD для свопинга. Но у вас обязательно должен быть своп, либо вам нужно как минимум увеличить оперативную память до 4 ГБ.

Попробуйте выполнить команду
egrep -r swappiness /etc/
чтобы найти, где именно устанавливается это значение.

На этом форуме есть рекомендации установить swappiness в 10 — я же предпочитаю оставить его по умолчанию, то есть 60.