Будет здорово, если вы создадите новую тему для отладки этой проблемы. Discourse полностью поддерживает IPv6. Meta работает через IPv6, как и все наши размещённые сайты. Я запускал несколько самостоятельно размещённых сайтов с работающим IPv6. У всех них SSL через Let’s Encrypt функционирует корректно.