Correto (na maior parte).
Nesse caso, você pode facilmente fazer como desejar e apenas adicionar uma tag IFRAME na parte inferior da página; ou pode modificar o plugin para adicionar outro espaço para “anúncios próprios”, conforme seu próprio design para posicionamento de anúncios.
De qualquer forma, fico feliz que a inserção direta da tag IFRAME esteja funcionando para você. Isso é o que importa.